起初黑暗战争爆发的时候，就有专家对这场战争进行了各种推演，结果不一。最乐观的，就是瞬间找到并摧毁新人类组织的总部，彻底切断各种病毒的蔓延趋势，半年之内就把黑暗战争结束。
但是也有一个最悲观的估计，就是病毒的蔓延将难以制止，最终导致全球性灾难。各国都难以自保，一座座城市沦为吸血鬼或兽化战士横行的废墟，城外的乡间之地更将成为无人敢于踏足的死域。总之，人类文明近乎摧毁，而人类生产生活的广袤大陆将变成一片废土。
专家们表示，废土期将会是黑暗战争的最后阶段，因为这时候已经到了关乎人类的存亡延续。假如能克服过去，人类将恢复旧日的文明和生产力，虽然需要一定的时间；一旦输了，人类将被开除球籍，这颗星球将被黑暗种彻底占据。
考虑到对几个大国的信心，就算最悲观的专家也认为至少抵抗三年之后，才可能步入黑暗战争的废土期——这已经是悲观估计了。后来随着中国在黑暗战争中的卓越表现，以及全球大大小小超自然侦探所的崛起，使得人类的信心大增，关于废土期的论调甚至几乎被人们所遗忘。
可是万万没想到，原本看似顺风顺水的局面，竟突然来了一个一百八十度的大转折。中方黑暗战争之中扛大旗的人物陈太元失踪了，和他一起失踪的还有大名鼎鼎的剑舞、李秀妍和沈燕然！与此同时，号称正义一方最强大、最无情的战士田信长重伤难愈，躺在99局的营养池之中无法醒来。
刹那间，中方原本在高端战力上的绝对优势荡然无存，一些秦级的黑暗种在各地肆虐再也没有顾忌。
而且在新人类组织之外，军国盟逐渐从幕后走向了前台。它们公开承认自己的存在，并且宣布已经掌控了岛国，并谋求更大区域的霸权。当然，这一点将会触动新人类组织的蛋糕。
为此新人类一开始是选择抵制的。虽然双方在一些层面存在合作，但关乎领域划分的事情却会非常较真，寸土必争。所以一开始的时候，就算林西凌派人将绿化僵尸悄悄运送的中国等地，不等官方将之毁灭，新人类组织竟然也会派出吸血鬼将之毁掉。
新人类当然不是在帮助人类社会，他们只是不想让绿化僵尸的病毒传染到岛国之外。直到一件事的发生，彻底改变了这个局面——
陈世钊的研究所里，终于将病毒的传染范围从哺乳动物延伸到了鸟类！
一群群的飞鸟挥动着死亡的羽翼，铺天盖地从岛国海岸飞向对面。这些已经死亡的怪鸟双目赤红，不知疲倦地传播着死亡。当人类社会和新人类组织发现这些的时候为时已晚，这些该死的毒鸟已经再也无法控制，而且已经开始感染人类以及猫、狗、鼠等常见的物种。
全世界疯狂了。
这就是没能抓捕林西凌和陈世钊的代价，这代价大到要赌上全人类的命运。
从动物再度感染到人类，虽然被感染者都只是比普通人强大一点的丧尸，但可怕之处在于数量众多。别说官方无力，就算新人类组织也不得不哀叹这些丧尸杀不净绝，简直越杀越多。和丧尸病毒的传播速度相比，吸血鬼的传播速度只是小巫见大巫。
而面对众多丧尸，只有铃木蝶衣和她那些手下所控制的僵尸可以抗衡。因为丧尸从来不会攻击僵尸，这是一个天然的属性。所以军国盟高级成员无论到了哪里，只要有僵尸护卫开路，丧尸就不会造成任何麻烦。久而久之形成一个假象，军国盟就是丧尸的主人。
所以，新人类组织也不得不服了。历来谈判都是以实力作为后盾的，眼看着自己无法干掉军国盟，新人类组织只能被迫承认军国盟的地位，两者几乎对等。
从此，新人类组织会撤出在整个东亚和南亚的势力，让出来作为军国盟的生存空间。
唯一例外的是中国，因为这里地位实在太特殊，所以新人类要求将自己的实力保存。而军国盟考虑到中方超自然势力的强大，单凭他们抗拒中国确实也够吃累，于是和新人类组织达成了妥协。
由此，整个世界竟然被这两个邪恶的组织给瓜分了！
另外别看军国盟控制的区域只有东亚和南亚，但实际上这片区域的人口密度极大，总人口占据全球的一半！而在黑暗战争时代，最重要的是什么？就是人口。无论是吸血鬼的数量，还是丧尸的数量，都直接体现着黑暗势力的力量大小。所以瓜分了三十多亿人口的南亚和东亚，使得军国盟的气焰嚣张程度丝毫不弱于新人类组织。
当然，两大黑暗组织之间不时会有穿插，两者也都达成了基本的和解意向。其实他们何尝不想干掉对方？但是很难，因为两者几乎势均力敌。
甚至到了最后，连普通人类的阵营也分化了。他们已经绝望，认为要想活下去，要么加入军国盟，要么就加入新人类组织，否则必死无疑。一旦这种绝望和投降主义的情绪蔓延开来，形势就麻烦大了。